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A APA-TO atua nos biomas Amazônia e Cerrado
O Estado do Tocantins encontra-se na zona de transição geográfica entre o cerrado e a floresta amazônica. Dos cinco grandes tipos de vegetação que cobrem o país, Tocantins apresenta duas: a Floresta Amazônica de terra firme (Bioma Amazônia) e a Savana (Bioma Cerrado).
De acordo com o Mapa de Biomas do Brasil e o Mapa da Vegetação do Brasil (IBGE, 2007), o Bioma Amazônia ocupa cerca de 9% do território do Estado de Tocantins e o restante do território (91%) é ocupado pelo Bioma Cerrado. Dentro de cada Bioma ocorrem variações quanto à vegetação, com características próprias.