A Assembleia Geral da APA-TO, reunindo todos os associados, é quem elege os membros dos dois conselhos de administração: o Conselho Diretor e o Conselho Fiscal.

O Conselho Diretor escolhe os responsáveis pela Direção Executiva da entidade, que tem a tarefa de coordenar as duas equipes técnicas que compõem a estrutura da APA-TO no trabalho diário: a Equipe Técnica Administrativa e a Equipe Técnica de Campo.