As seguintes entidades são parceiras financiadoras da APA-TO:

• MISEREOR: Desde a criação da entidade tem apoiado os processos de desenvolvimento local e agroecologia construídos junto com os grupos informais e organizações de base acompanhados pela APA-TO.
• FUNDAÇÃO FORD: Tem apoiado as ações desenvolvidas nas comunidades quilombolas em todo o estado do Tocantins no campo da formação, organização e assessoria para a conquista dos seus direitos territoriais e reconhecimento de sua identidade sociocultural.
• IAF: Tem apoiado processos para promoção do desenvolvimento participativo e a implementação e disseminação de novas tecnologias ambientais destinadas para ajudar as comunidades e seus ecossistemas a se adaptar aos efeitos das mudanças climáticas.
• TFCA-FUNBIO: Apoio ao desenvolvimento de ações que promovam o fortalecimento da cadeia produtiva do babaçu, através da organização da produção dos núcleos produtivos das quebradeiras de coco e acesso aos mercados dos produtos e subprodutos do babaçu
• BRAZIL FOUNDATION: Apoio na promoção da organização da produção dos(as) agricultores(as) familiares e de pescadores(as) artesanais das comunidades rurais do município de Esperantina e acesso ao mercado dos produtos agroextrativistas.
• Fundo Amazônia: O Programa de Pequenos Projetos Ecossociais gerido pelo ISPN e com o apoio do Fundo Amazônia tem apoiado processo que visam fomentar a construção de uma rede de comercialização local das organizações produtivas dos(as) agricultores(as) familiares da região do Bico do Papagaio.
• Fundação Banco do Brasil: O Programa ECOFORTE, financiado pela FBB/ BNDES/ FUNDO AMAZÔNIA, apoia o fortalecimento da rede Bico Agroecológico com a estruturação de unidades de referências, contemplando diferentes tipos de experiências produtivas de base agroecológica (hortas agroflorestal, captação de água de chuva, criação de galinha caipira e apicultura) em 07 municípios da região.