A APA-TO possui os seguintes Programas e Objetivos:

1. Desenvolvimento Institucional – Fortalecer a estrutura de organização e gestão da entidade, a partir de estratégias de planejamento e avaliação. Aperfeiçoar o resultado de nossos trabalhos, levando em consideração a qualificação e o desenvolvimento humano e social dos profissionais, sócios e dos conselhos diretor e fiscal.
2. Políticas Públicas – Promover junto às organizações sociais o conhecimento e a articulação sobre as políticas públicas, contribuindo para a construção participativa do desenvolvimento local sustentável. Oferecer assessoria às organizações para a negociação de políticas públicas, buscando uma efetiva gestão participativa.
3. Manejo de Agroecossistemas – Contribuir na construção de um novo modelo tecnológico que valorize o conhecimento local e o uso sustentável dos recursos naturais. Fortalecer os grupos de base, visando garantir segurança alimentar, geração de renda e a valorização, conservação e recuperação dos recursos naturais e da biodiversidade.
4. Gestão e Comercialização – Apoiar e articular processos de economia solidária de produtos agroextrativistas na perspectiva da agroecologia, almejando auxiliar no acesso a diferentes mercados, na melhoria da qualidade de vida dos agricultores familiares e em sua permanência no campo.
5. Organização e Formação – Fortalecer as organizações dos trabalhadores e trabalhadoras rurais, seu protagonismo e os processos de desenvolvimento locais, por meio da formação e capacitação de lideranças.